Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности



Дата07.01.2013
Размер57.9 Kb.
ТипДокументы
Наименование дисциплины: Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности

Направление подготовки: 020400 Биология

Профиль подготовки: Биоэкология

Квалификация (степень) выпускника: бакалавр

Форма обучения: очная

Авторы: д-р хим.наук, профессор, зав.кафедрой органической и биологической химии В.Ю.Орлов, к. х. н., доцент, доцент кафедры органической и биологической химии Г.А.Урванцева.


1. Целями освоения дисциплины«Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности» являются:

- приобретение знаний и умений о механизмах важнейших процессах жизнедеятельности и их компьютерном моделировании.

2. Курс относится к математическому и естественнонаучному циклу Б2., курс по выбору.

Дисциплина «Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности» базируется на знаниях, полученных студентами при изучении дисциплин: биохимия и молекулярная биология, информатика.

Знания и навыки, полученные при изучении дисциплины необходимы для выполнения выпускной работы, в научно-производственной и проектной деятельности


3. В результате освоения дисциплины обучающийся должен:

Знать:

- основные молекулярные механизмы жизнедеятельности

- компьютерного моделирования характеристик и динамики превращений молекулярных и надмолекулярных биологических систем.

    Уметь:

- применять полученные знания при решении конкретных биологических проблем; осуществлять молекулярное моделирование важнейших механизмов жизнедеятельности.

    Владеть:

    -теоретическими знаниями и навыками компьютерного моделирования молекулярных и надмолекулярных биологических систем.

4. Общая трудоемкость дисциплины составляет 3 зачетные единицы, 108 часов.

5. Содержание дисциплины:


п/п

Раздел дисциплины

1

Молекулярная основа наследственности. Установление первичной структуры ДНК. Изучение свойств биологических молекул при помощи методов молекулярного моделирования

2

Структура генома про- и эукариот Программа «Геном человека. Особенности генома человека.

3

Процессинг продуктов транскрипции генов. Биосинтез ДНК (репликация). Значение, механизм. Основные этапы.

4

Биосинтез РНК (транскрипция).Значение, механизм. Основные этапы. Обратная транскрипция. Значение, механизм. Основные этапы..


5

Биосинтез белка, его основные этапы. Процесс активирования аминокислот. Значение, механизм. Сборка полипептидной цепи (трансляция). Генетический код и его особенности.

6

Методы молекулярного моделирования. Метод молекулярной механики. Методы молекулярной динамики и методы Монте-Карло.

7

Методы молекулярного моделирования. Полуэмпирические методы квантовой химии. Возможности и ограничения применения полуэмпирических методов квантовой химии.

8

Простейшие модели описания на основе методов молекулярных орбиталей и валентных схем. Описание процессов превращения

9

Неэмпирические методы расчета. Методы с использованием функционалов матрицы плотности.

10

Современное программное обеспечение модельных расчетов.


6. Учебно-методическое и информационное обеспечение дисциплины:
а) основная литература:

1. Румянцев Е.В. и др. Химические основы жизни/ Е.В.Румянцев,Е.В.Антина,Ю.В.Чистяков.-М.: КолосС,2007- 560 c.

2. Папулов Ю.Г., Виноградова М.Г. Расчетные методы в атом-атомном представлении: монография. - Тверь, : ТверГУ, 2002.
б) дополнительная литература:

3. Коничев А.С., Севастьянова Г.А. Молекулярная биология. М.: Академия, 2005.

4. Ковалевская Н.И., Филиппович Ю.Б. Биологическая химия.М.: Академия, 2005.

5. Минкин В.И., Симкин Б.Я., Миняев Р.М. Теория строения молекул. - Ростов-на-Дону, : «Феникс», 1997. - 560 с.

5. Майер И. Избранные главы квантовой химии. - М.:Бином, 2006. - 384 с.

7. Мимкин В.И., Симкин Б.Я. Квантовая химия органических соединений: механизмы реакций. - М.: Химия, 1986.

8 Бабаян В.И., Березин В.И. Квантово-химическая теория строения и скоростей химических реакций. - Саратов, : СГУ, 1987.

9. Русаков А.И., Мендкович А.С., Гультяй В.П., Орлов В.Ю. Структура и реакционная способность органических анион-радикалов. – М.:Мир, 2005.- 295 с.
в) программное обеспечение и Интернет-ресурсы:

Самостоятельная работа студентов связана с активным использованием компьютерных баз данных для подготовки рефератов по темам. Поиск студентами литературы осуществляется с использованием следующих электронных информационных ресурсов:

а) поисковые системы библиографической информации:

Институт научной информации – http://www.wos.elibrary.ru/wos/ciw.cgi

Международная академическая издательская компания
«Наука – Интерпериодика» – http://www.maik.ru

Научная электронная библиотека – http://www.elibrary.ru

Поиск библиографии – http://www.scirus.com/srsapp
Поиск можно начать с этих страниц:

http://www.vm.cfsan.fda.gov//~frf/biologic.html

http://www.biodiversty.uno.edu

http://www.media.lib.kth.se/ejournal

http://biolinks.net.ru/Journals/Plant_physiology

http://www.publish.csiro.au/?nid=102
б) сайты крупных органов научной информации и библиотек России, на которых бывает открыт полнотекстовый доступ к российским и зарубежным журналам:

Библиотека по естественным наукам РАН – http://www.benran.ru Библиотека Российской академии наук – http://www.csa.ru

ВИНИТИ – http://www.viniti.msk.ru

Государственная Публичная Научно-техническая библиотека России – http://www.gpntb.ru

Российская государственная библиотека – http://www.rsl.ru

Российская национальная библиотека – http://www.nlr.ru

Центральная научная сельскохозяйственная библиотека –

http://www.cnshb.ru
в) с описанием изданий (журналы, монографии, энциклопедии и пр.) крупных зарубежных научных издательств можно ознакомиться на их сайтах:

Academic Press и Elsevier – http://www.sciencedirect.com

Blackwell – http://www.blackwell-synergy.com

Cambridge University Press – http://www.journals.cup.org

J. Willey Interscience – http://www.interscience.willey.com

Kluwer – http://www.wkap.nl

Oxford University Press – http://www.oup.co.uk

Springer Verlag – http://www.springerlink.com

Журналы научной электронной библиотеки (elibrary.ru)

Журналы американского химического общества

Доступ к патентным базам данных компании Questel

Organic Chemistry Portal

Журналы Wiley-VCH


Похожие:

Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности iconМолекулярное моделирование плоских углеродных структур от бензола до графена в образовательных целях Лобова Лада Павловна
Молекулярное моделирование плоских углеродных структур от бензола до графена в образовательных целях
Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности iconМолекулярное моделирование фотофизических свойств некоторых люминесцентных соединений
В. Ю. Бузько1,2, И. В. Сухно1,2, Д. В. Колечко1, Ф. А. Колоколов1, В. А. Сушко2
Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности iconМолекулярное моделирование в дизайне нейропротекторов
Комплексное применение молекулярного моделирования и методов исследования количественной связи между структурой соединений и их активностью...
Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности iconМедико-биологический факультет
Основные направления компьютерного поиска новых лекарственных соединений: qsar, молекулярное моделирование, виртуальный скрининг,...
Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности iconФизико-математические науки 22. 3
Молекулярное моделирование : теория и практика / Х. – Д. Хельтье, В. Зиппль, Д. Роньян, Г. Фолькерс; пер с англ. – М. Бином. Лаборатория...
Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности iconМатематическое моделирование течения высоковязких жидкостей с маловязким пристенным слоем в шнековых машинах 05. 13. 18 Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ
Работа выполнена на кафедре «Промышленная экология и безопасность жизнедеятельности» Волгоградского государственного технического...
Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности iconКурс лекций "молекулярное моделирование биополимеров"
Приближения, используемые в методах эмпирических силовых полей (периодические граничные условия, функции обрезания потенциала, зарядовые...
Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности iconМагистратура Хемоинформатика и молекулярное моделирование по направлению 020100. 68 Химия
По этой причине особенно острым становится вопрос осознанного выбора целевого соединения, предопределения возможных условий проведения...
Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности iconПрограмма по курсу: молекулярное моделирование, параллельные вычисления и grid-технологии по направлению
Обзор методов моделирования. Метод молекулярной динамики (МД): преимущества, недостатки и область применимости. Переход от физической...
Молекулярное моделирование механизмов жизнедеятельности iconМоделирование и формализация Моделирование как метод познания Моделирование
Моделирование. Человечество в своей деятельности (научной, образовательной, технологической, художественной) постоянно создает и...
Разместите кнопку на своём сайте:
ru.convdocs.org


База данных защищена авторским правом ©ru.convdocs.org 2016
обратиться к администрации
ru.convdocs.org