Курсовая работа Научный М. н с., к х. н. Головин А. В. Москва 2003 г



страница2/3
Дата20.04.2013
Размер0.56 Mb.
ТипКурсовая
1   2   3

Исследование консервативности контактирующих аминокислотных остатков в S7 и рибонуклеиновых оснований 16S рРНК у эубактерий.

Для определения консервативности контактирующих аминокислотных остатков в S7 и рибонуклеиновых оснований 16S рРНК у эубактерий проводиться поиск через систему SRS расположенную на сайте www.srs.ebi.ac.uk последовательностей белков S7 и 16S рРНК всех бактерий, последовательность белка S7 которых известна. Было найдено семьдесят бактерий, приведенный ниже:

AQUIFEX AEOLICUS, AQUIFEX AEOLICUS, AGROBACTERIUM TUMEFACIENS, ANABAENA SP., BACILLUS HALODURANS, BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS, BACILLUS SUBTILIS, BORRELIA BURGDORFERI, BRUCELLA MELITENSIS, BUCHNERA APHIDICOLA, BUCHNERA APHIDICOLA, CAMPYLOBACTER JEJUNI, CANDIDATUS TREMBLAYA PRINCEPS, CARSONELLA RUDDII, CAULOBACTER CRESCENTUS, CHLAMYDIA MURIDARUM, CHLAMYDIA PNEUMONIAE, CHLOROBIUM TEPIDUM, CHLAMYDIA TRACHOMATIS, CLOSTRIDIUM ACETOBUTYLICUM, CLOSTRIDIUM PERFRINGENS, CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM, DEINOCOCCUS RADIODURANS, ESCHERICHIA COLI O6, ESCHERICHIA COLI, EIKENELLA CORRODENS, FUSOBACTERIUM NUCLEATUM, HAEMOPHILUS DUCREYI, HAEMOPHILUS INFLUENZAE, HELICOBACTER PYLORI, LACTOCOCCUS LACTIS, LEPTOSPIRA BIFLEXA, LISTERIA MONOCYTOGENES, MICROCOCCUS LUTEUS, MYCOBACTERIUM BOVIS, MYCOPLASMA GENITALIUM, MYCOBACTERIUM LEPRAE, MYCOPLASMA MYCOIDES, MYCOPLASMA PNEUMONIAE, MYCOPLASMA PULMONIS, MYCOBACTERIUM SMEGMATIS, MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS, NEISSERIA MENINGITIDIS, PASTEURELLA MULTOCIDA, PSEUDOMONAS AERUGINOSA, RALSTONIA SOLANACEARUM, RHIZOBIUM LOTI, RHIZOBIUM MELILOTI, RHODOBACTER CAPSULATUS, RICKETTSIA CONORII, RICKETTSIA PROWAZEKII, SALMONELLA TYPHIMURIUM, SPIRULINA PLATENSIS, STAPHYLOCOCCUS AUREUS, STREPTOMYCES COELICOLOR, STREPTOCOCCUS PYOGENES, STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE, STREPTOCOCCUS PYOGENES, STREPTOMYCES ROSEOSPORUS, SYNECHOCOCCUS SP., SYNECHOCYSTIS SP., THERMOTOGA MARITIMA, THERMUS THERMOPHILUS, THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS, THIOBACILLUS CUPRINUS, TREPONEMA PALLIDUM, UREAPLASMA PARVUM, VIBRIO CHOLERAE, XANTHOMONAS AXONOPODIS, XANTHOMONAS CAMPESTRIS, XYLELLA FASTIDIOSA, YERSINIA PESTIS.

Для выравнивания, с целью выявления консервативности используем программу NСlustalW, затем в ручную считаем консервативность (как отношение количества мономера Thermus thermophilus , или равносильных ему, к общему количеству мономеров в выравненом столбце, в %).
Консервативность контактирующих с 16S РНК аминокислотных остатков белка S7.



Аминокислота в Thermus thermofilus

Сколько раз встречается

Консервативность

Другие аминокислоты в столбце

Консервативность

(с учетом равносильной замены)

Ala2

3

3.90%

P34S27M101R1G1

3.90%

Arg3

74

96.10%

1A1S1

96.10%

Arg4

39

50.65%

K35G21

(R.K) 96.10%

Arg6

12

15.58%

P15S11V10K7A7E3H3I3G21

(R.K)4.68%

Ala7

38

49.35%

V15I12T3P2S1Y1K1N11

49.35%

Arg10

67

87.01%

K32L1T1G1Q1A1

(R.K) 92.21%

Asn28

70

90.91%

R32K1S1C1A1

90.91%

Lys29

22

28.57%

R10V9I6A4N4M3T3H1C1S11

(R.K) 41.56%

Ile30

25

32.47%

V28L17M42E1

(I.L.V) 90.91%

Arg32

5

6.49%

L12V15K8I6Y5E4Q2W2N22D1F1M1

(R.K) 16.88%

Asp33

46

59.74%

S9H8E3A2N2K2G22T1

59.74%

Asn37

3

3.90%

S47G15A5N3T22L1Q1V1

3.90%

Arg41

24

31.17%

K19S14T5A3N3G2V2W22I1

(R.K) 55.84%

Arg76

34

44.16%

K37T22S1V1

(R.K) 92.21%

Arg94

7

9.09%

E24D12S10V9A3G3Q2K22T1P1

(R.K) 11.69%

Arg95

75

96.10%

2S1

96.10%

Asn109

3

3.90%

R58K4D3S2Q22L1A1M1

3.90%

Arg114

14

18.18%

K40N7H5T5Y32Q1

(R.K) 70.13%

Arg119

45

50.65%

K25G32L1C1

(R.K) 90.91%

Среднее

31.89

40.94%




50.49%

За вычетом Ala2 считая исходными Arg109 и Ser47

38.52941176

49.50%




78.79%


По сравнению с общей консервативностью аминокислотных остатков в белке S7, консервативность контактирующих аминокислотных остатков вполне высока (78.79%).
Консервативность контактирующих с белком S7 нуклеотидов 16S РНК.

Нуклеотид в Thermus thermophilus

Сколько раз встречаеться в столбце

Консервативность

Другие Нуклеотиды в столбце

G693

77

71.96%

12T10A8

C932

103

96.26%

G1N12

G933

104

97.20%

A1C11

A935

105

98.13%

R11

A938

107

100.00%




G939

107

100.00%




C940

99

92.52%

T71

A1092

103

96.26%

N4

A1239

107

100.00%




U1240

107

100.00%




G1241

107

100.00%




G1290

33

30.84%

A43C23T53

G1291

32

29.91%

C49T26

U1292

16

14.95%

C42G29A191

C1297

61

57.01%

T41A5

C1298

105

98.13%

T1N1

A1346

106

99.07%

G1

A1350

106

99.07%

G1

U1372

106

99.07%

G1

G1373

105

98.13%

N2A1

A1374

107

100.00%




A1375

106

99.07%

G1

U1376

105

98.13%

1C1

A1377

106

99.07%

1

C1378

104

97.20%

2G1

G1379

105

98.13%

A11

U1380

106

99.07%

1

Среднее

94

88.35%





Хотя 16S РНК и так является консервативной, но в местах контактов она еще более консервативна (88.35%). Так как предполагается, что белок S7 играет ключевую роль в процессе сборки малой субчастицы рибосомы, то процесс сборки представляется идентичным или, по крайней мере, сходным у разных организмов.

Высокая консервативность, возможно, предполагает структурное сходство, что позволяет нам применить компьютерное моделирование к изучению структуры белка EcoS7 и его комплекса с рРНК.

Моделирование структуры EcoS7.

Высокая гомология зоны контакта белка позволяет применить подход построения модели структуры S7 E.coli по известной структуре белка-гомолога TthS7 с помощью Swiss-Model [8]. В результате получили 3D структуру, не образующую найденные РНК-белковые связи. Известно, что Swiss-Model создает 3D модель, основываясь на известных структурных элементах. То есть положение С атомов модели EcoS7 совпадает с их же положением в TthS7. Что не может не привести к ошибкам при попытке моделирования белка EcoS7. Для корректного моделирования необходимо провести оптимизацию.

Смоделированный Swiss-Model белок S7 Escherichia coli (слева) и полученный методом РСА белок S7 Thermus thermophilus (справа).
1   2   3

Похожие:

Курсовая работа Научный М. н с., к х. н. Головин А. В. Москва 2003 г iconКурсовая работа Егоров В. О., Студент 2-ого курса д/о Научный Главный научный сотрудник
Вселенной показали, что привычные модели не могут адекватно описать ее поведение. Расчеты позволяют сделать вывод, что остается неучтенной...
Курсовая работа Научный М. н с., к х. н. Головин А. В. Москва 2003 г iconКурсовая работа Определение эйлерова пути на Прологе Халипский Сергей Николаевич Специальность: 230105
Ваша курсовая работа обладает недостатком, что не позволяет считать ее выполненной
Курсовая работа Научный М. н с., к х. н. Головин А. В. Москва 2003 г iconКурсовая работа студента III курса Каргальцева А. В. Научный руководитель ст преп. Пантелеев А. Д. Санкт-Петербург
Эпоха и основная проблематика творчества христианских писателей III-IV в н э
Курсовая работа Научный М. н с., к х. н. Головин А. В. Москва 2003 г iconКурсовая работа «Проектирование вычислительной системы»
Данная контрольно-курсовая работа выполняется с целью закрепления знаний по курсу «Организация ЭВМ и систем» и получения практических...
Курсовая работа Научный М. н с., к х. н. Головин А. В. Москва 2003 г iconГоловин Игорь Николаевич И. В. Курчатов Сайт «Военная литература»: Издание
Головин И. Н. И. В. Курчатов — 3-е изд., перераб и доп. — М.: Атомиздат, 1979. — 136 с
Курсовая работа Научный М. н с., к х. н. Головин А. В. Москва 2003 г iconКурсовая работа студента I курса дневного отделения группы Научный руководитель
Своего рода неосознанным отражением нового состояния страны стали и изменения в русской речи, и в частности активизация целого ряда...
Курсовая работа Научный М. н с., к х. н. Головин А. В. Москва 2003 г iconКурсовая работа студентки 4xx группы XXXXXXX. X. X научные руководители: XXXXXXXX. X. X xxxxxxxxxxxxx. X. X москва 200X
Влияние кислотности раствора на сорбцию ароматических карбоновых кислот на ппу 5-30
Курсовая работа Научный М. н с., к х. н. Головин А. В. Москва 2003 г iconКурсовая работа студента 1 курса, 12 гр., Юф, д/о Булатова П. Ю. Научный Ст
Если наука не выделит четкого критерия, позволяющего отделить подлинное право от произвола и других, переходных к нему форм, то будет...
Курсовая работа Научный М. н с., к х. н. Головин А. В. Москва 2003 г iconСтатистические данные по oиbm за 2003 г
Кpымская конфеpенция памяти А. Б. Севеpного "Солнце и космическая погода", п. Научный, Кpым, Укpаина, 9-13 июня 2003 г
Курсовая работа Научный М. н с., к х. н. Головин А. В. Москва 2003 г iconКурсовая работа студентки 1 курса факультета нелинейных процессов Научный
В качестве примеров таких систем можно рассматривать колебания молекул в жидкостях и твердых телах, электрические цепи, состоящие...
Разместите кнопку на своём сайте:
ru.convdocs.org


База данных защищена авторским правом ©ru.convdocs.org 2016
обратиться к администрации
ru.convdocs.org