Белок d-ribose-binding periplasmic protein



Скачать 38.19 Kb.
Дата26.07.2014
Размер38.19 Kb.
ТипДокументы
Белок D-ribose-binding periplasmic protein

Исследуемый белок называется- D-рибоза-связывающий периплазматический. Его функция заключается в том, что он включен в высоко афинную (сродственную) мембранную транспортную систему D-рибозы и также работает в качестве первичного хеморецептора для хемотаксиса. В молекуле белка присутствуют следующие лиганды: вода и пиранозная форма рибозы. Белок участвует в таких биологических процессах, как хемотаксис и транспорт сахаров. Особенности последовательности: в молекуле белка содержится одна цепь с молекулярной массой 30950 г\моль и длиной 296 Ангстрем. Организм-хозяин данного белка- Escherichia coli (Кишечная палочка штамм К12), расположен белок в периплазме клетки.

Несколько слов о Кишечной палочке штамма K12. Эшерихия (Escherichia coli), или кишечная палочка, — грамотрицательная микробная клетка семейства кишечных. Имеет слегка вытянутую форму палочки с закругленными концами (0,4–0,8 х 1–3 мкм). В естественных условиях подвижна, анаэроб, сбраживает глюкозу, лактозу и другие углеводы. Эшерихии — одни из наиболее типичных представителей нормальной микрофлоры кишечника млекопитающих. Является классическим объектом микробиологических и молекулярно-генетических исследований. Изучение разнообразных мутантов штамма Е. coli K12 позволило составить наиболее полную генетическую карту бактериальной хромосомы. Культуры E. coli K12 используются в генной инженерии в качестве штаммов-носителей при передаче клонированных генов, контролирующих синтез интерферона, инсулина и ряда важных ферментов.

http://www.nanoscopy.org/ebook/image67.gif


Escherichia coli K12 J62
Размер кадра 7,8 8,2 мкм2

Ниже представлена аминокислотная последовательность в fasta- формате:

>sp|P02925|RBSB_ECOLI D-ribose-binding periplasmic protein;

MNMKKLATLVSAVALSATVSANAMAKDTIALVVSTLNNPFFVSLKDGAQKEADKLGYNLVVLDSQNNPAKELANVQDLTVRGTKILLINPTDSDAVGNAVKMANQANIPVITLDRQATKGEVVSHIASDNVLGGKIAGDYIAKKAGEGAKVIELQGIAGTSAARERGEGFQQAVAAHKFNVLASQPADFDRIKGLNVMQNLLTAHPDVQAVFAQNDEMALGALRALQTAGKSDVMVVGFDGTPDGEKAVNDGKLAATIAQLPDQIGAKGVETADKVLKGEKVQAKYPVDLKLVVKQ
Особенности в последовательности.

Первые 25 аминокислотных остатков в последовательности MNMKKLATLV SAVALSATVS ANAMA выполняют сигнальную функцию и являются сигнальной последовательностью ( короткая от 3 до 60 аминокислот пептидная цепь, которая направляет посттрансляционный транспорт белка в соответствующую органеллу). После доставки белка к органелле сигнальный пептид может отщепляться под действием сигнальной протеазы.

Сигнальные пептиды имеют характерные физико-химические свойства ( гидрофобный характер: Аланин, Валин, Лейцин; наличие положительного заряда: Лизин)


Ниже приведена аннотация статьи из системы PubMed .

Название статьи: The amino acid sequence of D-ribose-binding protein from Escherichia coli K12.

Авторы: Groarke JM, Mahoney WC, Hope JN, Furlong CE, Robb FT, Zalkin H, Hermodson MA.

Название журнала: J Biol Chem.

Год выпуска, номер и страница: 1983 Nov 10;258(21):12952-6.
Аннотация на английском языке:
The amino acid sequence of the D-ribose-binding protein from Escherichia coli K12 was determined from the DNA sequence of the gene. Protein sequence analyses covering 80% of the protein were consistent with the sequence deduced from the DNA. The mature binding protein has 271 amino acid residues and shows substantial homology to D-galactose-binding protein. A signal peptide sequence of 23 or 25 residues was also deduced from the DNA sequence. It shows the characteristic features of prokaryotic signal peptides.
Перевод аннотации:

Аминокислотная последовательность D-рибозы-связывающего белка из Escherichia coli K12 была установлена из последовательности ДНК гена. Исследования 80% последовательности белка были согласованны с последовательностью, полученной из ДНК. Связывающий белок имеет 271 аминокислотный остаток, он гомологичен D-галактозе-связывающему белку. Пептидная последовательность с 23 по 25 остаток, выполняющая сигнальную функцию, также была получена из последовательности ДНК. Она показывает характерные особенности сигнальных пептидов прокариот.


Изображение третичной структуры белка в RasMol:

c:\users\user\desktop\structure.gif

Красный цвет: альфа-спирали

Желтый цвет: бета-тяжи

Синий цвет: бета-повороты



Здесь приведены ссылки-идентификаторы на записи про мой белок в различных базах данных:
UniProt: http://www.uniprot.org/uniprot/P02925
PDB: http://www.ebi.ac.uk/pdbe-srv/view/entry/1dbp/summary

http://www.ebi.ac.uk/pdbe-srv/view/entry/1ba2/summary

http://www.ebi.ac.uk/pdbe-srv/view/entry/1drj/summary

http://www.ebi.ac.uk/pdbe-srv/view/entry/1drk/summary

http://www.ebi.ac.uk/pdbe-srv/view/entry/1urp/summary

http://www.ebi.ac.uk/pdbe-srv/view/entry/2dri/summary

http://www.ebi.ac.uk/pdbe-srv/view/entry/2gx6/summary

EMBL:


http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/emblfetch?style=html&id=K00511&Submit=Go

http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/emblfetch?style=html&id=M13169&Submit=Go



Здесь даны ссылки на статьи про мой белок:

1)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=search&term=6313683

2)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=search&term=16738553

3)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=search&term=3011793

4)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=search&term=3011794

5)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=search&term=7982928


Ссылки на полные тексты статей:

1)The amino acid sequence of D-ribose-binding protein from Salmonella typhimurium ST1.

http://www.jbc.org/cgi/reprint/258/21/12957

2) The amino acid sequence of D-ribose-binding protein from Escherichia coli K12.

http://www.jbc.org/cgi/reprint/258/21/12952

3) Secretion and processing of ribose-binding protein in Escherichia coli.

http://jb.asm.org/cgi/reprint/149/2/789?view=long&pmid=7035438

4) Structural prediction of sugar-binding proteins functional in chemotaxis and transport.



http://www.jbc.org/cgi/reprint/256/9/4357

Похожие:

Белок d-ribose-binding periplasmic protein iconБелок биотинового биосинтеза bioh ecoli белок bioh ecoli
Кроме того, белок может выполнять функцию тиоэстеразы. Карбоксилэстераза bioH может образовывать комплекс с CoA и участвовать в реакции...
Белок d-ribose-binding periplasmic protein iconЗадание Нарисуйте схему клеточной мебраны, включающей белки. На схеме укажите структурный белок биологической мембраны, транспортные белки: канал, переносчик, насос; а также белок – рецептор, белок – фермент
На схеме укажите структурный белок биологической мембраны, транспортные белки: канал, переносчик, насос; а также
Белок d-ribose-binding periplasmic protein iconБелок syc ecoli
Важно, что белок так де выполняет металл- и нуклеотид- связывающей функции, осуществляет биосинтез протеинов. Каталитическая активность...
Белок d-ribose-binding periplasmic protein iconСоевый белок
«Лидер соевый белок» производится с помощью метода добычи воды, жира и углеводов. Они были удалены из сырья при сохранении функциональных...
Белок d-ribose-binding periplasmic protein iconРассматриваемый нами белок Integration host factor E. colisubunit beta далее
Днк-связывающего белка Integration host factor(ihf). Данный белок осуществляет функции контроля транскрипции и трансляции, а также...
Белок d-ribose-binding periplasmic protein iconПромоторный 5
Промоторная область гена prkag2 (amp-activated protein kinase gamma2 subunit), не являющаяся CpG-островком
Белок d-ribose-binding periplasmic protein iconЗанятие Дистрофии
Зернистая дистрофия (мутное набухание; белок в клетке ткани сворачивается в зёрнышки)
Белок d-ribose-binding periplasmic protein iconГен зеленого флуоресцирующего белка и исследование центральной нервной системы
Созданные около пяти лет назад, эти живые организмы имеют активный ген gfp (green fluorescent protein), ген зеленого флуоресцирующего...
Белок d-ribose-binding periplasmic protein iconТема урока: Белки Цели
Оборудование и реактивы: концентрированная hno3, белок, растворы CuSO4, NaOH, спиртовка, спички, держатель, пробирки
Белок d-ribose-binding periplasmic protein iconВыделение суммарного цитоплазматического белка
Выделение суммарного цитоплазматического белка из клеток S. acus проводили при помощи набора для выделения клеточных белков Total...
Разместите кнопку на своём сайте:
ru.convdocs.org


База данных защищена авторским правом ©ru.convdocs.org 2016
обратиться к администрации
ru.convdocs.org